达莫斯背叛了前来接受生命宝珠的圣灵兽，不仅私藏了宝珠，还让口袋妖怪向它发起攻击。多年之后，圣灵兽从沉睡中醒来。“审判的时刻到来了，”说着它展开了报复。整个市镇不断爆炸，被烟雾所笼罩。达莫斯的后裔希娜把生命宝珠还给了圣灵兽。谁料圣灵兽高喝着“这是假的”，踏碎了它。被激怒的圣灵兽发出巨大的冲击波袭向希娜。危急时刻，迪奥鲁加和帕鲁其亚劈裂时空突然出现，接住了冲击波。一场前所未有的口袋妖怪大战展汪开了……

传说中创造世界的神奇宝贝阿尔宙斯，在某次灾难中拯救了世界不被灭亡，但却身受重伤，是达摩斯救了他。 之后，为了使米季纳的土地复苏，阿尔宙斯将其生命宝玉借给达摩斯，并约定在下一个日蚀之日归还，但达摩斯却背叛了誓言。 阿尔宙斯长眠前，许下“当我下一次醒来后将对人类进行制裁”的誓言。 在阿尔宙斯苏醒之后，以压倒性的力量将三神彻底打败，而帝牙卢卡也在倒下前夕将小智一行人送到过去，去了解达摩斯为什么会背叛阿尔宙斯的真正缘由。

小智、小霞、小健及皮卡丘一行人来到了橘子群岛，在路途上遇到了暴风雨把他们吹到了亚西亚岛上，来到这里刚好村民在举行祭典，在祭典上小智从芙萝拉的口中听到一个古老的传说，“火之神、雷之神、冰之神不可以擅自触及，否则天地的愤怒将令世界走向灭亡”。这时坏人为了达到自己的目标抓洛奇亚，不惜破坏这个古老的传说，在祭典上芙萝拉要小智成为拯救世界的人，但必须得到三样宝物，这三样宝物分别在火之岛、雷之岛、冰之岛。小智去火之岛的路途中却遇到暴风雨，这时候，芙萝拉认为是她让小智走向危险的地方，所以芙萝拉、小霞、小健就决定去找小智．这时在火之岛的小智与皮卡丘要离开时遇到火箭队，而就在火箭队要强夺皮卡丘时，芙萝拉一行人刚好来到。芙萝拉与小智说话的同时，闪电鸟出现在火之岛，就在皮卡丘用它的电击与闪电鸟说话时，坏人出现了，它把闪电鸟的能源吸收后就抓了闪电鸟，连同小智一行人也被抓了。到底小智等人会如何呢？

在橘子群岛一带旅行的小智等人，某日在乘船时意外被暴风雨吹至当中的一个岛屿-亚西亚岛，当地适逢庆典，他们结识少女芙芦拉等居民，并得知流传岛上的古老传说。 就在同时，贪婪的收藏家吉尔露太，为了满足自己的收藏欲望，捕捉了传说中神圣不可侵犯的的火焰鸟与闪电鸟，甚至想进一步捕捉急冻鸟，以引出传说中的海之神-洛奇亚，致使传说成真，各处气候变异、世界步向毁灭，小智决定挺身而出前往化解危机....

日本人气动画《宠物小精灵》第17部全新剧场版《Pokemon the movie XY破坏之茧》（导演：汤山邦彦）决定将于2014年7月在日本公映。此部全新剧场版取消了以…

以成为神奇宝贝大师为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。关键时刻，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜（北乃きい 配音）、凯宾（岸祐二 配音）帮助了他们，能与神奇宝贝心灵沟通的西娜还熄灭了冥王龙的怒火。从西娜口中得知，创造了世界的神奇宝贝即将苏醒，它不仅会使时空扭曲错乱，还将为世界带来毁灭性的灾难……